BOGOR — Tiga ekor duyung yang terdampar mati di pesisir Jawa Timur sepanjang 2023 ternyata meninggalkan warisan ilmiah. Analisis DNA atas ketiganya menunjukkan duyung (Dugong dugon) di Laut Jawa memiliki garis keturunan yang tidak ditemukan di perairan mana pun — temuan yang dipaparkan dalam pertemuan tahap awal penyusunan studi konektivitas populasi genetik duyung di Hotel Permata Bogor, Rabu (26/8/2026).
Pertemuan hibrida yang digelar Direktorat Konservasi Spesies dan Genetik, Ditjen Pengelolaan Kelautan KKP bersama Sekretariat Regional ATSEA itu mempertemukan instansi pemerintah, lembaga riset, perguruan tinggi, dan organisasi konservasi. Tujuannya menyusun kerangka kerja bersama pengumpulan dan pengelolaan sampel genetik duyung nasional, sebagai bagian dari Dugong and Seagrass Conservation Initiative (DSCI) yang didukung Mohamed bin Zayed Species Conservation Fund.
Luas sebarannya, tipis datanya
Indonesia memiliki salah satu sebaran duyung yang masih luas di dunia, tetapi pengetahuan tentang keragaman dan struktur genetiknya nyaris kosong. Penelitian yang selama ini mewakili Indonesia umumnya bersandar pada tulang koleksi museum di Belanda, Norwegia, dan Australia — bukan jaringan segar dari perairan sendiri.
Padahal tekanannya nyata. Estimasi populasi duyung Indonesia menyusut dari sekitar 10.000 individu pada 1970-an menjadi sekitar 1.000 individu pada 1994. Satwa ini berstatus Vulnerable dalam Daftar Merah IUCN, masuk Appendix I CITES, dan dilindungi penuh melalui UU No. 5/1990 juncto UU No. 32/2024.
Direktur Konservasi Spesies dan Genetik KKP, Sarmintohadi, membuka pertemuan sekaligus memaparkan kebijakan konservasi genetik spesies akuatik. Undangan resmi bernomor B.1711/DJPK.3/KP.510/VIII/2026 menyebut pertemuan ini bertujuan memperkuat kolaborasi kelembagaan dalam pelaksanaan DSCI.
Pertemuan tahap awal penyusunan studi konektivitas populasi genetik duyung di Hotel Permata Bogor, Rabu (26/8/2026).
Membaca riwayat lewat tiga sirip
Ahli genetik duyung Universitas Brawijaya, Dr. Citra Satrya Utama Dewi, memaparkan hasil analisis atas tiga individu terdampar: dua di Pulau Bawean, Gresik (Februari dan Maret 2023), dan satu di Pantai Tengket, Sapulu, Bangkalan (September 2023).
Jaringan sirip ketiganya dibaca menggunakan penanda COX1 — potongan DNA mitokondria yang berfungsi seperti sidik jari spesies dan menjadi standar internasional DNA barcoding. Hasilnya cocok di atas 99 persen dengan referensi Dugong dugon, dan ketiga sekuen kini tercatat permanen di basis data GenBank dengan nomor PQ039761, PQ039762, dan PQ039763 — data COX1 duyung pertama dari jaringan segar di Pulau Jawa.
Karena DNA mitokondria diwariskan dari induk betina, penanda ini memungkinkan peneliti melacak garis keturunan ibu lintas generasi. Hasilnya menempatkan duyung Laut Jawa dalam kelompok Indo-Australasia, sangat dekat dengan populasi Australia dan Selandia Baru, tetapi terpisah tegas dari populasi India.
Kedekatan itu tampak dari indeks diferensiasi genetik yang nyaris nol antara Indonesia dan Australasia (0,00111), berbanding 0,64343 terhadap India. Namun indikator aliran gen antarwilayah hanya 0,67 — di bawah ambang 1,0, yang berarti pertukaran individu saat ini praktis terhenti. Kekerabatan lamanya masih terekam, tetapi lalu lintasnya sudah tertutup.
Yang paling menarik, dari tiga individu muncul tiga varian genetik berbeda, dua di antaranya belum pernah tercatat di wilayah mana pun. Artinya perairan Indonesia bukan sekadar jalur lintasan, melainkan habitat yang menyimpan kekhasan genetiknya sendiri.
Dewi menegaskan temuan ini perlu dibaca sebagai sinyal awal. Jumlah sampel dua hingga tiga individu per wilayah masih jauh di bawah 25–30 yang ideal untuk analisis populasi yang stabil.
Pertemuan hibrida yang digelar Direktorat Konservasi Spesies dan Genetik, Ditjen Pengelolaan Kelautan KKP bersama Sekretariat Regional ATSEA.
Nasib duyung bergantung pada lamun
Duyung adalah satu-satunya mamalia laut yang sepenuhnya herbivora dan hidup dari padang lamun. Ia berpindah dengan menyusuri hamparan lamun dangkal dan enggan menyeberangi laut dalam yang tidak menyediakan pakan.
Karena itu, fragmentasi padang lamun tidak hanya memutus pasokan pangan, tetapi juga jalur perkawinan antarpopulasi. Pemetaan citra satelit Sentinel-2A mencatat luas lamun Pulau Bawean 1.628,43 hektare dan Sapulu 85,35 hektare — sementara jelajah harian seekor duyung saja bisa mencapai 4 hingga 43 kilometer persegi.
Kendala terbesar riset genetik duyung justru ada di lapangan. Populasinya tinggal sedikit dan tersebar, sehingga perjumpaan langsung jarang terjadi. Ketika akhirnya berjumpa pun, pengambilan sampel jaringan dari satwa dilindungi yang masih hidup menuntut kehati-hatian tinggi agar hewan tidak terluka atau tertekan.
Karena itulah individu yang terdampar menjadi sumber data yang berharga, dan metode tanpa sentuh — seperti pembacaan DNA lingkungan dari air laut atau DNA dari kotoran — menjadi arah yang kini banyak ditempuh. Kendala administratif menambah beban: pengurusan izin riset genetik satwa dilindungi memakan waktu 13 bulan melewati lima tahapan, bukan karena ditolak, melainkan karena belum ada prosedur baku lintas kementerian.
Dari Bogor ke Rote
Sesi berikutnya menghadirkan Kepala Balai Pengelolaan Kelautan Kupang, Imam Fauzi, bersama Marine Conservation Officer ATSEA, Ismail Syakurachman, mengenai pembaruan DSCI di kawasan Laut Arafura dan Laut Timor; serta Peneliti Ahli Muda Pusat Riset Sistem Biota BRIN, Dr. Indra Bayu Vimono, mengenai usulan tahapan studi konektivitas. Sesi siang menghasilkan matriks sumber daya genetik duyung yang memetakan sampel yang tersedia, institusi pemegangnya, dan mekanisme berbagi data.
Kejadian terdampar terbaru sendiri tercatat di Papua dan Nusa Tenggara Timur, keduanya berada dalam wilayah kerja Balai Pengelolaan Kelautan Kupang. Dua kejadian itu menegaskan bergesernya titik perhatian riset ke kawasan timur, sekaligus menempatkan balai sebagai simpul pertama penanganan satwa terdampar — tahap yang menentukan apakah jaringan sempat diambil sebelum bangkai dikuburkan.
Kerangka itu kini berjalan di lapangan. Penelitian duyung dan padang lamun sedang berlangsung di perairan Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur, melibatkan KKP, BRIN, Universitas Nusa Cendana, dan Universitas Brawijaya, dikoordinasikan Sekretariat Regional ATSEA di bawah pendanaan DSCI.
Perluasan ke Nusa Tenggara Timur menjawab langsung kesenjangan yang mengemuka di Bogor: cakupan data genetik duyung Indonesia yang selama ini terpusat di wilayah barat.
Narahubung
Dr. Citra Satrya Utama Dewi — Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya · [email protected]
Panitia penyelenggara — Ismail, 0811-1002-0069
Data pendukung: nomor aksesi GenBank PQ039761, PQ039762, PQ039763. Rujukan ilmiah tersedia pada Dewi et al. (2025), Biodiversitas 26(2):951–962 dan Dewi et al. (2025), Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan 17(3):785–797.
Editor : Redaksi
